Index: renumber.c
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--- renumber.c	(revision 10815)
+++ renumber.c	(revision 10816)
@@ -298,7 +298,7 @@
 	fclose(out);
 
 	/* restore the unique flag setting */
-	conf_update(NULL);
+	conf_update(NULL, -1);
 
 	if (changed) {