Index: tool.c
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--- tool.c	(revision 21780)
+++ tool.c	(revision 21781)
@@ -414,7 +414,7 @@
 		return;
 
 	if (conf_core.temp.rat_warn)
-		pcb_clear_warnings();
+		pcb_data_clear_flag(PCB->Data, PCB_FLAG_WARN, 1);
 	pcb_tool_notify_mode();
 	pcb_draw();
 }