Index: trunk/src/tool.c
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--- trunk/src/tool.c	(revision 26410)
+++ trunk/src/tool.c	(revision 26411)
@@ -433,8 +433,10 @@
 	if (pcbhl_conf.temp.click_cmd_entry_active && (pcb_cli_mouse(1) == 0))
 		return;
 
-	if (conf_core.temp.rat_warn)
-		pcb_data_clear_flag(PCB->Data, PCB_FLAG_WARN, 1, 0);
+	if (conf_core.temp.rat_warn) {
+		if (pcb_data_clear_flag(PCB->Data, PCB_FLAG_WARN, 1, 0) > 0)
+			pcb_board_set_changed_flag(pcb_true);
+	}
 	pcb_tool_notify_mode();
 	pcb_draw();
 }